Obecny kościół rektoralny, pofranciszkański /dziś pod wezwaniem św. Jana Chrzciciela, pierwotnie podobno św. Elżbiety/ zbudowany został w latach 1245 – 57 jest budowlą wczesnogotycką. W roku 1353 Wielki Książę Litewski, Lubart Giedyminowicz, rabując Zawichost, puścił z dymem klasztor i kościół franciszkanów. „Wyczyn” Lubarta powtórzył Jagiełło, za to potem: „zostawszy chrześcijaninem i królem Polski, jak również i jego synowie Wł. Warneńczyk i Kazimierz otaczali pieczołowitością Zawichost i jego kościoły” – pisze ksiądz Jan.
Kościół więc odbudowano, podnosząc przy tym szczyty i na nowo przesklepiając zachodnie przęsło prezbiterium. „W 1499 Tatarzy pod dowództwem Mahometa Gereja złupili miasto i klasztor, który już poprzednio zniszczony, a w części przez kasztelana Michała z Czyżowa rozebrany, opłakany przedstawiał widok…w r. 1600 ks. Wacław Łukasiewicz z funduszów pp Janowskiego i Maciejowskiego mniejszej kasztelanii zawichojskiej kasztelana kościół i klasztor wyrestaurował, dachówką pokrył i w organ nowy zaopatrzył” – czytamy w tekście księdza Wiśniewskiego.
Po zniszczeniach z roku 1657 kościół ponownie konsekrowano w roku 1663. W latach 1945 – 9 odbudowany został ze zniszczeń wojennych, wraz z rekonstrukcją pierwotnego wyglądu. Składa się z prostokątnej nawy i trójprzęsłowego prezbiterium, do którego przylega jedyne odbudowane skrzydło dawnego klasztoru.
